Instituto y Boca Juniors se enfrentaron 32 veces, de las cuales en 8 ocasiones la “Gloria” salió ganadora, mientras que los "Xeneizes" triunfaron en 13 oportunidades. 

A su vez, en 11 encuentros terminaron igualados. El último compromiso entre ambos equipos fue en el Estadio Chateau por la Fecha 4 del Torneo Clausura 2006. 

En esa ocasión igualaron 1-1 con goles de Matías Silvestre (B) y Daniel "Miliki" Jiménez (I).